gradleプロジェクトでJarファイルを作成する手順を紹介します。
Jarを作成するのは、build.gradleにjarタスクの記載をすればjarファイルを作成できます。

手順1：Jarタスクを記載

jar{
    manifest{

        attributes 'Main-Class': '(パッケージ名).(クラス名)'
    }

}

jar{

manifest{

attributes 'Main-Class': '(パッケージ名).(クラス名)'

}

attributes でプロジェクトのmainクラスをパッケージ含めて記載します。

手順2：Jarファイル作成

ウインドウ→ビューからGradleタスクを開きプロジェクト名→Build→jarを起動でjarファイルが作成されます。

・文字コードの指定

apply plugin: 'java'

tasks.withType(JavaCompile) {
    options.encoding = 'UTF-8'
}

apply plugin: 'java'

tasks.withType(JavaCompile) {

options.encoding = 'UTF-8'

}

・参照するjarファイルをビルドパスに指定

dependencies {
    compile fileTree(dir: '(ビルドパスに追加するフォルダ名)', include: '*.jar')
}

dependencies {

compile fileTree(dir: '(ビルドパスに追加するフォルダ名)', include: '*.jar')

}